Компания “Т-Платформы” завершила модернизацию вычислительного кластера по заказу Института им. Н.Ф. Гамалеи. Кластер является технологической основой исследовательских работ института в областях молекулярной динамики, химии, биотехнологий и разработки новейших фармпрепаратов.
Основной профиль деятельности Института — решение фундаментальных проблем в области эпидемиологии, медицинской и молекулярной микробиологии, инфекционной иммунологии. Особое место в этих исследованиях занимает анализ распространения и эпидемиологические особенности особо опасных инфекционных заболеваний, исследования молекулярных основ развития инфекционного процесса, изучение закономерностей возникновения и эпидемиологического проявления природных очагов болезней человека, исследование проблем общей и инфекционной иммунологии, а также разработка новых средств диагностики, лечения и профилактики инфекционных болезней.
Для моделирования и компьютерного тестирования разрабатываемых фармацевтических препаратов несколько лет назад руководством института было принято решение о приобретении высокопроизводительного вычислительного комплекса, адаптированного для решения такого рода задач. К началу этого года объем выполняемых на кластере работ настолько возрос, что было принято решение о его модернизации. В результате производительность кластера была увеличена вдвое.
В настоящее время одним из основных направлений исследований, проводимых на базе кластера “Т-Платформы”, является создание новых препаратов для лечения хронических бактериальных инфекций, вызванных хламидиями. Известные ныне антибиотики эффективны лишь в отношении острых форм хламидиоза, а для хронических форм, представляющих наибольшую проблему в развитии тяжелых осложнений, приводящих к бесплодию, патологии беременности, артритам, не существует эффективных терапевтических средств. Вычислительные мощности кластера используются для моделирования белков хламидий — мишеней будущих лекарственных препаратов, а также для проведения виртуального скрининга, позволяющего отобрать вещества, которые с наибольшей вероятностью будут поражать выбранные мишени. На сегодняшний день уже завершен первый этап скрининга и отобраны вещества, потенциально способные подавлять один из главных факторов патогенности хламидий. Некоторые из них уже показали антихламидийную активность in vitro, а в ближайшее время планируется расширить спектр тестируемых потенциальных ингибиторов.
Основой модернизированного кластера Института им. Н.Ф. Гамалеи является универсальная система T-Blade 1.1 с десятью вычислительными узлами на базе процессоров Intel Xeon X5670. Пиковая производительность кластера — 2,5 Тфлопс, а реальная эффективность, продемонстрированная на тесте Linpack, превысила 85%.
