ИЗ ПЕРЕПИСКИ
Уважаемый Влад!
С большим интересом прочитала Вашу статью (см. PC Week/RE, N 29-30/99, с. 29). Сама идея очень заманчива, особенно с точки зрения производительности и объема накопления информации. Признаюсь честно: в химии я полный профан, но с точки зрения математики, точнее, логики предложенного решения отыскания Гамильтонова пути графа это очень интересно. Ваша статья заинтересовала меня еще и потому, что раньше я работала в лаборатории компьютерного конструирования лекарственных веществ (сейчас работаю программистом) и по ходу дела обращала внимание на “природный механизм” кодирования и хранения информации; но применение молекул для решения комбинаторных задач - это, повторюсь, очень и очень интересно. В лаборатории мы пытались различными математическими методами проектировать поведение веществ при различных условиях. Ваша статья ставит обратную задачу. Конечно, с технической точки зрения все это трудноосуществимо, но идея (я с Вами согласна) очень хороша. Кроме технической стороны: ведь радикально должен измениться и сам подход к программированию. Если я правильно все поняла (на что не претендую), то для каждой задачи разрабатывается “химический алгоритм”, что требует не только математических знаний. Даже в приведенном Вами примере: ведь нужно еще знать, что существует лигаза и что она “валентно склеивает разрывы в двойной спирали ДНК”. Многоразовый “ДНК-компьютер” мне понравился больше. Но опять же поскольку химия требует довольно высокой точности (сама наблюдала, как один и тот же эксперимент давал различные результаты из-за мизерной разницы температур), то возникает вопрос о надежности такого компьютера, а следовательно - и вопрос о его стоимости.
И вот что еще удивительно: как следует из Вашей статьи, такие разработки ведутся достаточно давно, а ссылок на аналогичные работы наших ученых я не нашла. Известно ли Вам что-нибудь о наших работах в этой области?
С уважением, Екатерина.
Уважаемая Екатерина!
Спасибо за Ваш отзыв на статью.
Вы совершенно правы относительно точности проведения эксперимента. В ДНК-компьютере это одна из основных проблем. “Точность” всех реакций весьма низка, поэтому предлагается использовать “хитрые” итерационные алгоритмы для коррекции ошибок. Правда, большинство этих исследований - чисто теоретические.
С другой стороны, в рамках проекта генома человека за последние пару десятилетий удалось достичь больших результатов в области автоматизации экспериментов молекулярной биологии, а стало быть, и в области обеспечения необходимых его параметров. Благодаря этим успехам снижается и стоимость экспериментов.
Что касается российских работ, то я о них не слышал. В основном ДНК-компьютером занимаются американцы, японцы и, кажется, итальянцы. Полагаю, что в нашей стране подобные работы не ведутся: когда в мире началась вся эта кутерьма, у нас как раз пошел интенсивный развал науки. Было бы очень неплохо, если бы я ошибался.
С уважением, Влад Борисов.
