Защищенный мессенджер Threema обзавелся десктопной версией, с помощью которой сервисом можно пользоваться и на настольном компьютере. Как и мобильная версия, веб-клиент Threema обеспечивает наивысший уровень защиты информации и максимально ограничивает любые некритические сценарии взаимодействия с данными. В частности, вместо использования сервера для синхронизации сообщений, Threema устанавливает прямое зашифрованное соединение между браузером и мобильным устройством с помощью протокола SaltyRTC. Таким образом, сообщения могут быть синхронизированы без необходимости их обработки сервером. Если браузер и мобильное устройство подключены к одной и той же сети, то данные не покинут ее пределы. В отличие от других сервисов, десктопная версия Threema значительно сокращает цифровые следы и сводит создание метаданных к минимуму. После завершения сессии, синхронизированные сообщения немедленно удаляются с компьютера. Веб-клиент Threema по сути является расширением приложения Threema и полностью отвечает тем же высоким стандартам безопасности, что и мобильная версия .

Веб-клиент Threema совместим с браузерами на основе Chromium (Google Chrome, Opera и др.), а также с Mozilla Firefox. Мгновенное соединение браузера и мобильного устройства происходит путем сканирования QR-кода. После этого все чаты становятся полностью доступны на компьютере пользователя. Интерфейс десктоп-версии Threema идентичен мобильной версии. Отправка и получение сообщений происходит так же, как и на мобильном устройстве, а изображения и файлы можно перетащить непосредственно в окно чата для их отправки.

В настоящее время веб-клиент Threema доступен для Android-версии Threema. Поддержка для других платформ будет добавлена в ближайшее время.

Безопасный мессенджер Threema выполняет сквозное шифрование всех данных, которыми обменивается пользователь, будь то сообщения, групповые чаты, файлы мультимедиа и даже «статусы». Threema использует для шифрования надежную криптографическую библиотеку NaCl с открытым исходным кодом. Ключи шифрования генерируются и хранятся в защищенных папках на устройствах пользователей, что исключает возможность тайного доступа к данным или их копирования. Кроме того, для пользования приложением не нужен номер телефона или адрес электронной почты. Эта уникальная особенность позволяет пользоваться Threema совершенно анонимно.